Cuối năm 2003, Câu lạc bộ bóng đá Hàng không Việt Nam bị giải thể vì thiếu kinh phí dù đang thi đấu ở giải chuyên nghiệp (V-League). Cũng trong mùa bóng 2003, Câu lạc bộ bóng đá LG-ACB thi đấu yếu kém và phải xuống hạng. Để duy trì việc thi đấu ở V-League, lãnh đạo của LG-ACB tỏ ý muốn tiếp nhận một số cầu thủ thi đấu tốt cũng như suất thi đấu ở V-League của đội Hàng không Việt Nam. Việc tiếp nhận này được Liên đoàn Bóng đá Việt Nam chấp thuận và đội thi đấu ở mùa giải sau với tên gọi mới là LG.Hà Nội.ACB.

Các cầu thủ và nhân viên của Hàng không Việt Nam không nằm trong suất tiếp nhận cũng như của LG-ACB bị thải loại được Liên đoàn bóng đá Hà Nội tiếp nhận lại và tập hợp lại thành một đội bóng mới, gồm 34 người (trong đó có 26 cầu thủ). Đội bóng được đặt dưới quyền quản lý của Liên đoàn bóng đá Hà Nội, được Ủy ban Nhân dân Hà Nội và Tập đoàn Hòa Phát tài trợ, chính thức được thành lập ngày 24 tháng 12 năm 2003 với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Hòa Phát Hà Nội. Đội trưởng đầu tiên của Hòa Phát Hà Nội là cầu thủ trung vệ Nguyễn Tiến Dũng. Còn huấn luyện viên đầu tiên là ông Hoàng Văn Gia. Đội lấy sân vận động Hà Nội làm sân nhà. Đội thi đấu mùa giải đầu tiên ở Giải vô địch bóng đá hạng nhất Việt Nam 2004 với suất thi đấu của LG-ACB nhượng lại.

Sau 3 năm thành lập, năm 2006, Câu lạc bộ bóng đá Hòa Phát Hà Nội chuyển sang mô hình chuyển nghiệp, chính thức được chuyển giao cho Công ty Cổ phần bóng đá Hòa Phát quản lý. Cũng trong năm này, Hòa Phát Hà Nội giành được danh hiệu đầu tiên sau khi thắng Gạch Đồng Tâm Long An ở trận chung kết cúp quốc gia bằng 2 bàn thắng của Da Silva và Nguyễn Đức Lam. Tuy nhiên, mùa giải sau là một thất bại của đội, ngoài việc bị loại khỏi cúp quốc gia, Hòa Phát Hà Nội chỉ giành vị trí thứ 12 giải V-League và phải đá trận tranh vé vớt với An Giang (xếp thứ 3 giải hạng nhất). Trong trận đấu này, cầu thủ Williams đã ghi 2 bàn thắng giúp Hòa Phát ở lại V-League [1].

Đến giải V-League 2008 Hòa Phát Hà Nội thi đấu không thành công xếp hạng 14/14 đội và phải xuống chơi hạng nhất.

Sau đúng 1 mùa xuống hạng Nhất, chiều 8 tháng 8 năm 2009, Hòa Phát HN đã quay trở về sân chơi V-League sau chiến thắng đậm 5-0 trước An Giang[2].

Tháng 9 năm 2011, Chủ tịch Câu lạc bộ Hòa Phát tuyên bố giải thể đội bóng và sẽ chuyển giao nhân sự lại cho Câu lạc bộ bóng đá Hà Nội - ACB. Dưới sự quản lý của người chủ mới, đội cũng đổi sang tên gọi mới là Câu lạc bộ bóng đá Hà Nội.